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调节脂肪代谢。益生元还可以影响脂肪代谢。对大鼠所做的实验表明，使用低聚木糖代替饲料中的糖后，病鼠胆固醇和甘油三酯下降。同样对于FOS做了实验，由实验结果可以看出降低。

益生元在体内被有益菌发酵生成短链脂肪酸，如醋酸、丙酸、丁酸、乳酸等，这些有机酸类物质能使肠道内pH值和氨的浓度降低，有效***肠道产物的生成， 并促进肠道蠕动而促进***，还可以改善脂质代谢。

益生元的双歧因子功能：迄今已鉴定的益生元大多可以促进双歧增殖的，其作用机制是益生元选择性刺激肠道中众多菌群中的双歧的增殖。这可能是由于双歧利用这类基质生长的效率比其他微生物相对更高，并且能耐受短链脂肪酸（SCFA）和发酵所引起的酸化微环境的原因。分析长双歧***组揭示了专门对各种不同碳水化合物进行分解代谢的大量蛋白质序列，无疑这些有助于提高在肠道环境中的竞争力。

益生元可诱导肠道中双歧菌群增大10-100倍，且罗欧（Rao，江门益生元，1999）针对FOS所做实验结论称，益生元的双歧因子效果同双歧群原来大小成反比关系，益生元哪个牌子好，这种影响比益生元剂量的影响还要大。

益生元可溶性膳食纤维特性：低聚糖类益生元具有可溶性膳食纤维的基本特性。如可降低粪便pH值；减少***代谢物；增加粪便体积和水分、加速肠腔蠕动、减轻；具有洁肠、的功能。除此之外，低聚糖类益生元还具有良好的耐消化性，不易被唾液、胰液、肠液中的酶类所分解，可以一直到达大肠，被肠道***代谢。